Αμεση ήταν η παρέμβαση του εισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ισίδωρου Ντογιάκου, ο οποίος με εντολή του ανέθεσε την εποπτεία των ερευνών για το πολύνεκρο δυστύχημα στα Τέμπη στον προϊ-στάμενο της Εισαγγελίας Εφετών Λάρισας Σταμάτη Δασκαλόπουλο.
Αυτό σημαίνει πως η προανάκριση για τη σύγκρουση θα διενεργηθεί με την εποπτεία ανώτατου εισαγγελικού λειτουργού. Για την ώρα ο 59χρονος σταθμάρχης κατηγορείται, εκτός των άλλων, για ανθρωποκτονία από αμέλεια (άρθρο 302 του Ποινικού Κώδικα), σωματική βλάβη από αμέλεια (314 ΠΚ) και επικίνδυνες παρεμβάσεις στη συγκοινωνία μέσων (291 ΠΚ). Ο συλληφθείς σταθμάρχης της Λάρισας, στην πολύωρη κατάθεσή του, ανέφερε ότι έδωσε εντολή για αλλαγή στην τροχιά, αλλά το σύστημα δεν υπάκουσε.
«Εγώ πάτησα κανονικά το κουμπί, γιατί είναι αυτόματο το σύστημα πλέον για να αλλάξει η γραμμή, οπότε κάθε τρένο θα έμπαινε σε διαφορετική τροχιά, αλλά δεν λειτούργησε» φέρεται ότι είπε στην αρχή, αν και στη συνέχεια παραδέχθηκε ότι έκανε λάθος. Πάντως, σε κάθε περίπτωση, στο πλαίσιο της έρευνας έχει ζητηθεί από τον ΟΣΕ αν υπάρχει μαγνητοφωνημένη η συνομιλία μεταξύ σταθμάρχη και μηχανοδηγών να απομαγνητοφωνηθεί και να παραδοθεί στις Αρχές.
Ωστόσο, στο πλαίσιο της προανάκρισης ερευνάται μια σειρά από σοβαρά αδικήματα κακουργηματικoύ χαρακτήρα, που πιθανότατα θα φέρουν ενώπιον των Αρχών και άλλα άτομα, αν προκύψει ότι εμπλέκονται στο πολύνεκρο σιδηροδρομικό δυστύχημα. Τα διαφαινόμενα αδικήματα είναι κακουργηματικού χαρακτήρα, όπως η διατάραξη της ασφάλειας συγκοινωνιών από την οποία προκλήθηκε θάνατος, που επισύρουν ποινές από πρόσκαιρη κάθειρξη 10 ετών μέχρι και ισόβια, σύμφωνα και με τις τελευταίες αλλαγές του Ποινικού Κώδικα.
Επίσης ερευνάται εάν και για το αδίκημα της ανθρωποκτονίας προκύπτει ενδεχόμενος δόλος, γεγονός που, που αν θεμελιωθεί, μπορεί να αναβαθμίσει την αξιόποινη πράξη και να την καταστήσει κακούργημα. Μόλις ολοκληρωθεί η προανάκριση, οι εισαγγελικές Αρχές θα αποφασίσουν εάν θα προχωρήσουν στην άσκηση ποινικών διώξεων για την υπόθεση και σε βάρος ποιων προσώπων.